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La vegetación arbórea y arbustiva nativa existente en el Arboretum participa en cerca del 60% de la superficie total, estando conformada por varias especies que constituye hoy en día, una muestra del bosque nativo que cubría antiguamente a la Isla Teja. Se le clasifica dentro de las asociaciones Nothofago-Eucryphietum-Aextoxiconetum (Oberdorfer, 1960) y usando la clasificación de tipos forestales, al “Siempreverde con intolerantes emergentes” (Donoso, 1981).
Estas especies se encuentran distribuidas en una superficie continua, la cual presenta una topografía con diferentes exposiciones, alturas y condiciones edáficas.
Dentro de los programas de conservación “ex situ”, se han realizado plantaciones y siembras en distintos sectores con especies arbóreas y arbustivas. De esta manera se ha podido incorporar con éxito, muchas especies que se consideran en peligro de extinción. Ellas tienen gran importancia taxonómica, por ser algunas, especies que originalmente se encontraban en el bosque Valdiviano y que no estaban presentes en el sitio del Arboretum.
La diversidad de especies que se ha logrado concentrar, representa una importante muestra de flora nativa chilena.
